Mycologie in Nederland

Vanaf het begin van de opkomst van de mycologie aan het einde van de negentiende eeuw heeft Nederland een belangrijke rol gespeeld bij de systematiek en taxonomie van schimmels. Daaraan droegen ook amateurmycologen, waaronder vaak artsen en apothekers, vanaf het begin bij, maar het Centraal Bureau voor Schimmelcultures (CBS, nu: Westerdijk Instituut) en het Rijksherbarium in Leiden (uiteindelijk opgegaan in Naturalis Biodiversity Center) speelden een hoofdrol, zowel op het gebied van onderzoek als bij de opleiding van mycologen. In eerste instantie was er een duidelijke verdeling van de aandacht: het CBS richtte zich vooral op de studie van 'lagere' schimmels, waaronder plantpathogenen en medische mycologie, het Rijksherbarium verrichtte onderzoek naar de taxonomie van 'hogere' schimmels, de eigenlijke paddenstoelen. Beide instituten hadden een belangrijke output aan monografische bewerkingen van schimmelgroepen en determinatiewerken. De Flora agaricina neerlandica en de reeks Studies in Mycology zijn daar goede voorbeelden van. Tegenwoordig ligt de focus meer op evolutie en moleculaire taxonomie. Bij alle onderzoeken waren en zijn amateurmycologen van groot belang: zij zijn ‘de ogen in het veld’ en veel van hun vondsten zijn belangrijk geweest voor deze studies en publicaties.  In de periode tot het eind van de twintigste eeuw leverden de instituten een kleine, maar gestage instroom op van geschoolde mycologen in de NMV, die daar hun kennis deelden en allerlei initiatieven ontplooiden. Het karteringsproject is daar een goed voorbeeld van. In dit klimaat ontwikkelden een heel aantal amateurleden zich tot experts in bepaalde groepen. Hiermee werd de basis gelegd voor verschillende initiatieven, waarvan het AscomycetenprojectPhragmoproject en Myxomycetenproject goede voorbeelden zijn.
In de laatste jaren is DNA-barcoding steeds belangrijker geworden. Naturalis is bezig met de opbouw van een collectie goed geïdentificeerde soorten met hun DNA-barcodes. Deze collectie dient als ijkpunt voor de genetische herkenning van schimmels, planten en dieren. In de NMV werken professionele en amateurmycologen hieraan mee, om samen met behulp van morfologische (de zichtbare, uitwendige vorm en bouw waaronder ook de microscopische kenmerken) en DNA-kenmerken de basis te leggen voor nieuwe bewerkingen van verschillende groepen, waaronder RussulaCortinarius, en Entoloma.

Taxonomie en systematiek vormen de basis voor soort(h)erkenning

Taxonomie is letterlijk: het benoemen van taxa, ofwel het naamgeven van soorten en vaststellen van hun plaats in de stamboom van het leven, de systematiek. Taxonomie en systematiek zijn onlosmakelijk met elkaar verbonden. Taxonomen houden zich daarom bezig met het beschrijven en classificeren van soorten. Door collecties te verzamelen en te vergelijken en door criteria vast te stellen waar een soort aan moet voldoen om een 'goede soort' te zijn, kun je soorten van elkaar afgrenzen. Die soorten kun je vervolgens gaan rangschikken in geslachten, en die geslachten weer in families, families in ordes, enzovoort. Op die manier krijg je een hiërarchisch systeem: "systematiek". Vervolgens kun je op basis van de beschreven kenmerken determinatiesleutels maken, waarmee soorten op naam kunnen worden gebracht. Een geheel van een classificatie, sleutels en beschrijvingen heet een monografie, een werk waarin een of enkele nauw verwante geslachten worden behandeld. Een werk waarin een hele groep wordt behandeld noemen we 'flora' (traditioneel een werk om planten mee te determineren; schimmels werden vroeger tot het plantenrijk gerekend) of 'funga' (de hedendaagse term voor een werk waarmee je paddenstoelen kunt determineren). Deze werkwijze heeft tot bibliotheken van monografieën en flora’s en funga's geleid.

Moleculair onderzoek en barcoding leggen de natuurlijke afstamming bloot

In de hierboven beschreven aanpak worden soorten dus onderscheiden op basis van overeenkomsten en verschillen in morfologie (macroscopisch en microscopisch uiterlijk van paddenstoelen) en in mindere mate ook de ecologie (waarbij overigens dient aangetekend dat bij schimmels hun ecologische plaats en onderscheid tegenwoordig in toenemende mate van belang wordt geacht). Aangenomen werd dat overeenkomsten wezen op verwantschap. Dat overeenkomsten ook schijn kunnen zijn en ten gevolge van andere evolutionaire processen tot stand zijn gekomen, was echter niet uit te sluiten. Variabiliteit van soorten werd hierdoor nogal eens verschillend geïnterpreteerd. Zo had je onderzoekers die een grote mate van variatie accepteerden ("lumpers") en anderen die al heel geringe verschillen als soortonderscheidend waardeerden ("splitters").
De introductie van moleculaire technieken was daarom een grote verandering. Door stukjes DNA te vergelijken en met behulp van statistische methodes verwantschapsbomen te genereren, werd een heel nieuwe kijk op soorten en geslachten geïntroduceerd. Uitgangspunt is nu: als het genetisch materiaal identiek is, dan behoren individuen tot dezelfde soort, maar toont het DNA verschillen, dan zijn het verschillende soorten. Er zijn internationale afspraken over welk stukje DNA gebruikt wordt: dat stukje waarvan aangetoond is dat het soorten goed van elkaar onderscheidt. Bij paddenstoelen wordt hiervoor meestal het zg. ITS-gen gebruikt. We noemen dit stukje DNA een 'barcode', omdat het een specifieke volgorde van de basenbaren presenteert. Met deze methode kun je dus convergentie (soorten die op elkaar lijken, maar niet verwant zijn) uitsluiten. Maar ook hier is het bepalend in welke mate je accepteert hoeveel 'streepjes' in een barcode mogen verschillen voordat je van twee soorten kunt spreken, want in de natuur is alles variabel, ook de barcode! In het verlengde van de barcoding, die vooral op soortniveau speelt, is het met behulp van het vergelijken van (liefst meerdere stukjes) DNA mogelijk om verwantschappen tussen soorten te bekijken en die vervolgens weer te classificeren in genera. Dit is de basis voor de vele veranderingen in classificatie en naamgeving die we de afgelopen jaren in veel groepen zien. Lees meer over de barcoderingsprojecten van de NMV '.

Projecten die moeilijke groepen toegankelijk maken

In het laatste decennium zijn initiatieven ontstaan om groepen waarvan de literatuur erg versnipperd is en waaraan 'gewone' paddenstoelenboeken nauwelijks aandacht schenken wat toegankelijker te maken voor de toegewijde amateurmycoloog. De projecten beogen tot werkbare determinatiesleutels en goede overzichten te komen van de Nederlandse soorten in de betreffende groepen en maken daarbij gebruik van de verspreide gevestigde, maar ook de jongste literatuur en publicaties, waardoor een actuele stand van kennis bereikt wordt.

Ascomycetenproject

Eind 2010 is op initiatief van enkele leden van de werkgroep Cristella een "denkgroep" ontstaan die de mogelijkheid onderzoekt het enorme terrein van de Ascomyceten (Ascomycotina) toegankelijk te maken voor een breder publiek. Juist voor deze allergrootste groep van paddenstoelen is de literatuur beperkt, versnipperd en onvolledig.
Lees verder...

Phragmoproject

In navolging van het Ascomycetenproject is begin 2014 door een aantal leden van de NMV en KVMV het Phragmoproject opgestart dat zich met trilzwammen (Phragmobasidiomyceten) bezig houdt. Voor trilzwammen in het algemeen zijn geen recente sleutels voorhanden en daarom wordt binnen dit project op basis van recente publicaties en inzichten gewerkt aan het samenstellen van sleutels op genera en soorten die in ons land voorkomen of verwacht kunnen worden.
Lees verder...

Overzicht van Nederlandse Myxomyceten

Myxomyceten, ook wel 'slijmzwammen' genoemd, behoren tot het rijk van de Amoebozoa. Traditioneel zijn ze altijd door mycologen bestudeerd. Van deze groep met wereldwijd bijna 1000 soorten komen er ongeveer 300 in Nederland voor. Door enkele liefhebbers worden er elk jaar wel een paar nieuwe soorten voor Nederland ontdekt. Omdat de meeste soorten klein zijn schrikt het vaak af om er aan te beginnen. Hans van Hooff is bezig met het samenstellen van overzichtspagina's met detailfoto's van elke soort die in ons land voorkomt.
Lees verder...